3Dモデルを構成するトポロジのクリーンさは、変形時における美しさや最終的なレンダリングの質にも関わってくるかと思いますが、トポロジを修正するツールをお求めでしたらWilliam Vaughan氏制作の「Topology Scripts for MODO」を使ってみてはいかがでしょうか？

Topology Scripts for MODO：https://pushingpoints.com/v2/pushing-points-topology-scripts-for-modo/

上記ビデオでも紹介されているように、 様々なトポロジのパターンに合わせて最適な形状へと再構成してくれます。トポロジの修正が必要となるモデリング作業に時間がかかるようであれば、こういったツールの活用もぜひ検討してみてください。